Pirmie atjaunotās neatkarības gadi raksturīgi ar apmeklētāju skaita dramatisku samazināšanos. Zoodārzu vairs neapmeklē daudzie atpūtnieki no bijušās PSRS. Ja pēdējos padomju gados apmeklētāju skaits reizēm pārsniedza 700 tūkstošus, tad 90-to gadu sākumā tas ir tikai 100 tūkstoši gadā.

No 1991. līdz 1998. gadam izdoti Ilzes Raipules sastādītie dzīvnieku kolekcijas sistemātiskie saraksti.

1992. gads – Zooloģiskā dārza 80. dzimšanas diena. Lielo jubileju un valsts apbalvojumu laiks beidzies. Rīgas saimniekiem nav līdzekļu dārza uzturēšanai. Saucam talkā mecenātus, izskan aicinājums novērtēt dārzu kā nacionālo bagātību.

1992. gada novembrī RZD uzņemts Eiropas Zoodārzu un akvāriju asociācijā (EAZA).

22. decembrī Latvijas Republikas Augstākā Padome pieņem lēmumu piešķirt Rīgas Zooloģiskajam dārzam Nacionālā zooloģiskā dārza statusu.

1993. gada jūlijā dibināta Zooloģiskā dārza ārpilsētas bāze „Cīruļi”, ar mērķi izmitināt un vairot kiangus.

1994. gadā atjaunotajā zālē ierīkota Latvijas abinieku ekspozīcija, kas gadu vēlāk papildināta ar Latvijas rāpuļiem.

Kopš 1995. gada zooloģiskā dārza direktora v.i., gadu vēlāk direktora un kopš 2004. gada Valdes priekšsēdētāja pienākumus pilda Rolands Greiziņš.

1996. gadā Zooloģiskajā dārzā darbojas ceļojošā dinozauru modeļu izstāde.

Āzijas ziloni Zuzannu aizved uz Kobes zooloģisko dārzu Japānā.

1997. gadā par patstāvīgu nodaļu kļūst Insektārijs.

Lāču mājas sānā izbūvēta mītne apdraudētajiem salu dzīvniekiem – lemuriem un Galapagu bruņrupučiem.

Zooloģiskajā dārzā darbojas ceļojošā izstāde „Mazie milži” – kustīgas lelles attēlo daudzkārt palielinātus kukaiņus. Izstādē ir arī dzīvie eksponāti un izziņas spēles.

Gada beigās pēc remonta atvērta daļa akvārija, apskatāmas tropu zivis.

14. oktobrī Zooloģiskā dārza 85. dzimšanas diena.

1998. gada 13. novembrī atklāta WHISKAS Tīģeru māja – plašākā un modernākā tāda veida celtne Eiropā, pirmā par firmu un privātpersonu ziedotajiem līdzekļiem uzceltā būve kopš 1930tajiem gadiem. Nozīmīgākie finansētāji – Latvijas Vides aizsardzības fonds un firma ''MasterFoods”.

Par Rīgas Domes piešķirtajiem līdzekļiem rekonstruēta Lauvu māja.

Rekonstruēta ķenguru māja.

1999. gada 15. maijā atklāta Lauku sēta, kurā var iepazīt Latvijai raksturīgos mājdzīvniekus.

Kopš 2001. gada jaunā formātā tiek izdoti Zooloģiskā dārza gada pārskati. Pirmā pārskata redaktore ir Guna Vītola, bet kopš 2002. gada - Elīna Gulbe.

2001. gada pavasarī ar Rīgas Domes atbalstu uzceltas mītnes pelikāniem un dzērvēm.

25. maijā durvis apmeklētājiem ver Rīgas Zooloģiskā dārza Tropu māja ar 80 sugu dzīvniekiem. Tajā ir abinieku, rāpuļu, bezmugurkaulnieku (kukaiņi, skorpioni, zirnekļveidīgie, u.c.) un nakts dzīvnieku ekspozīcijas. Šī ir pirmā lielā vides ekspozīcija Rīgas Zooloģiskajā dārzā. Īpašu ievērību pelna lapgriežskudru ekspozīcija.

Pavasarī, ar spēkavīra R.Bergmaņa palīdzību, āra aplokā tiek iznesti Galapagu bruņrupuči. Bruņrupuču svēršana turpmāk kļūst par ikgadēju tradīciju.

2002. gadā – Zooloģiskā dārza 90. jubileja.

Par Rīgas Domes līdzekļiem pabeigtas jaunās roņu un ūdensputnu mītnes. Pateicoties Zooloģiskajā dārzā izstrādātajai metodikai, no Baltijas jūras piekrastes atvestie roņu mazuļi izdzīvo daudz biežāk.

Izbūvēta mazo pandu mītne.

Izveidots tropu jūras akvārijs, tilpums 800 litru.

Notiek pirmais konkurss „Gada labākais dzīvnieku kopējs”.

Reģistrēta un izveidota Zooloģiskā dārza mājas lapa internetā www.rigazoo.lv

Kopš 2003. gada februāris Zooloģiskajā dārzā ir „Tropu mēnesis”.

3. oktobrī uz Nīderlandes zooloģiskajiem dārziem aizved Indijas ziloņus Radžu un Rupu, lai dotu iespēju Radžam atstāt pēcnācējus, bet zoodārzam uzcelt modernu ziloņu mītni.

2004. gadā izveidoti un apdzīvoti aploki takiniem un polārlapsām.

Uzsākta akcija „Uzdāvini sev ziloni”.

2005. gadā uzsākti dzīvnieku barošanas demonstrējumi. Publiski baro nīlzirgus, pelikānus, katas lemurus un trenē roņus.

Atjaunota vēsturiskā ēka „Baložu māja”, kura pārtop par Zooloģiskā dārza vēstures krātuvi.

2006. gadā tiek veikti pasākumi, lai novērstu putnu gripas draudus.

Noslēdzas pirmais dzīvnieku kopēju mācību kurss (koordinatore E. Gulbe), to sekmīgi beiguši 11 dalībnieki. Kursa noslēguma darbi apkopoti elektroniskā izdevumā „Par mums un mūsu dzīvniekiem”.

Vasaras sezonā Akvārija zālē, vēlāk ziloņu mājā notiek izstāde „1000 ziloņu zoodārzā”. Eksponētas ziloņu figūriņas un suvenīri no U. Klapera un J. Buka kolekcijām, apmeklētāji var izpētīt ziloņu mītni un izzināt tās vēsturi īpašos stendos.

2007. gada 21. augustā nobeidzās vecākais Zooloģiskā dārza iemītnieks Misisipi aligators Čabulītis. Izbāznis un skelets apskatāmi „Baložu mājā”.

Rudenī pabeidz celt žirafu māju, 25. un 27. septembrī no Poznaņas zooloģiskā dārza atved Rotšilda žirafu tēviņus Piku un Periskopu, kuriem vēlāk pievienojas nedaudz jaunākais Usmi.